Много веков назад:

Сетра, раса наделенная магическими способностями, прибывают на планету после длительного и тяжелого путешествия. Некоторые из Сетра (нареченные позднее Древними) решают продолжить путешествие, в то время как другие, уставшие от постоянных кочеваний, решают остаться. Оставшиеся в итоге становятся людьми. Однако некоторые из настоящих Сетра все еще продолжают существовать.

2000 лет назад:

Дженова, мерзкое существо из далеких глубин космоса, совершает на планете аварийную посадку, отчего в земле появляется огромный разлом, так называемый Северный Кратер. Дженова заражает Сетра особым вирусом, превращая их в монстров. Большинство из оставшихся Сетра оказываются полностью уничтожены, и прячутся в своих новых поселениях, пытаясь избежать надвигающийся ужас. Планета создает пять Орудий для битвы с Дженовой, но они остаются не использованы так как небольшому количеству выживших Сетра успешно удается заключить Дженову в Северном Кратере, заморозив ее. Планета начинает исцелять себя, используя свою жизненную энергию (К слову - она так никогда полностью и не восстановится).

Спустя некоторое время после этих событий:

Появляется корпорация Шинра (на самом деле она называется Синра, но раз уж все привыкли к Шинре, далее по тексту мы будем называть ее именно так), которая заявляет о себе как о лидирующей энергетической компании всего мира. Она использует энергию Мако, которую добывает из недр Земли. Мако также известна под названием Лайфстрим (Поток Жизни), своеобразный каскад душ, который используется планетой и всеми живыми существами совместно для существования, как планеты, так и людей. Мако энергия высокой концентрации становится Материей, которая является дорогостоящим продуктом из-за своих магических свойств. В конце концов, Шинра разделяется на следующие департаменты: Военный; Политический; Градостроительный; Научный; Астрономический; Коммуникационный.

Сформирована спецгруппа Турки как отдельная ветвь Шинры; они занимаются не совсем приятными заданиями – похищение детей, убийства и так далее. Группой руководит человек по имени Шон, (Тсенг в английской версии), а его правой и левой руками являются Рено и Руд.

15 лет назад или около того:

Военный отряд Шинры объявляет войну Вутаю, западному поселению. В итоге, они побеждают, и старейшине Вутая, Годо, приходится с этим смириться. В конце концов, Вутай теряет свой военный статус и становится развлечением для туристов.

Мирное племя, живущее в Каньоне Космо, атаковано сильным племенем Джи. Сето, (похожнее на льва существо), защищает Каньон, используя секретный проход, и ему успешно удается сдержать нападение племени Джи, еще на подходе к городу, но в итоге он оказывается сражен ядовитыми стрелами вражеских воинов и превращается в камень. Племя Каньона, включая сына Сето, Нанаки, думает, что Сето поджал хвост и сбежал, бросив семью и весь город. Только отчим Сето, Бугенхаген, знает всю правду.

Сид Хайвинд, создатель биплана Тини Бронко, получает одобрение от Шинры начать запуск космической ракеты из его родного города. Он очень давно мечтал об этом, и теперь его возбуждение начинает расти в связи с предстоящим запуском, но тут его ассистент, Шера, находит неисправность в энергореакторе. Она отказывается уйти из скоро-собирающейся взорваться комнаты с реакторами, и Сид заставляет себя отменить запуск ракеты перед самым зажиганием реакторов. Он отказывается простить Шеру за то, что она разрушила его мечту, отчего Шера живет с ним, прислуживая, и таким образом наказывая себя.

Профессор Гаст, ведущий ученый Шинры, возглавляет команду, которая включает в себя молодого человека по имени Ходжо, женщину Лукрецию и Турка по имени Винсент. Гаст откапывает тело Дженовы в горах Нибельхайма, которая, как он думает, является Древней, и основывает свою исследовательскую лабораторию в особняке Шинры в близлежащем городке. Винсент влюбляется в Лукрецию, но видит, что она сама влюблена в Хождо, и уступает своей судьбе. Однако когда он узнает, что Ходжо собирается инъецировать в еще не рожденного ребенка Лукреции ДНК Дженовы, Винсент не может закрыть на это глаза и выступает против действий Ходжо. Ходжо смертельно ранит Винсента и проводит над ним операцию, превратив его в оборотня, способного изменяться, в состоянии ярости. Униженный, Винсент ложится в гроб в подвале особняка Шинры и впадает в глубокий сон.

У Лукреции рождается сын, которого она нарекает Сефиросом. Однако, ему не рассказывают о его настоящем происхождении, говоря, что его мать, Дженова, умерла после родов.

Доктор Гаст спасается бегством от Ходжо и оказывается в гостинице «Сосулька», где встречает настоящую представительницу расы Сетра по имени Ифална. Он записывает на пленку все свои разговоры с ней, и в итоге влюбляется в нее. У них рождается дочь, которую они называют Айрис. Однако Ходжо удается попасть в это место, и он пытается похитить Ифалну и Айрис. Доктор Гаст защищает их, но его убивают, а семью захватывают. Однако Ифалне вместе с Айрис каким-то образом удается избежать поимки Ходжо. Израненная, она успевает добраться до железнодорожной станции Сектора 7 Мидгара. Ее находит женщина по имени Эльмира, которая обещает ей заботиться об Айрис. Ифална дает Айрис Белую Материю, легендарный камень, способный вызвать Великое Святое заклинание, если возникнет такая необходимость. Однако так как вызвать сие заклинание очень тяжело, да и Айрис еще маленькая, она думает, что эта Материя вообще ничего не делает.

15-7 лет назад:

Ходжо продолжает свои эксперименты с клетками из тела Дженовы, которое он раскопал. Он проводит опыты над солдатами Шинры, инъецируя их клетками Дженовы, плюс облучая мако-энергией; в результате, у подопытного развивались способности, которые не был доступны обычным людям, и их можно было отличить по необычному блеску в глазах. Таким образом, было основано подразделение СОЛДАТ, элитное подразделение бойцов Шинры.

Сефирос поступает в ряды СОЛДАТа и быстро продвигается по служебной лестнице. За ним постоянно наблюдают, и он дает наилучшие перспективы для развития СОЛДАТа, чем кто-либо еще.

Лукреция прячется, боясь, что клетки внутри нее могут превратить ее в угрозу для всего существующего.

Айрис начинает проявлять странные способности; например, ей удается почувствовать смерть мужа Эльмиры, который был на войне Вутае, задолго до того, как Эльмира получит вести об этом. В конце концов, она становится объектом охоты для Турков, действующих под командованием Ходжо, которые много раз пытались преследовать Айрис, но ей всегда удавалось избежать преследования. Айрис устраивается на работу цветочницей в трущобах Мидгара.

Клауд Страйф и Тифа Локхарт растут вместе в городке Нибельхейм; они не близкие друзья, однако Клауду хотелось бы, чтобы это было наоборот. После смерти матери Тифы, она предпринимает поход в Горы Нибель. Клауд следует за ней, но мост, на котором они вместе стоят, ломается, и Клауда обвиняют в том, что Тифа пострадала из-за него. Позднее они встречаются у колодца и разговаривают, где Клауд рассказывает Тифе о своем желании уехать в Мидгар и вступить в ряды СОЛДАТ, а Тифа просит дать его общание, что если он сможет добиться чего-то в Мидгаре, то он должен вернутся к ней подобно "принцу на белом коне" и защищать ее.

Ходжо продолжает проводить опыты в Нибельхайме, погружая тела живых существ в сжатую энергию Мако. В итоге, люди становятся абсолютно неузнаваемыми и находятся под постоянным наблюдением в закрытых контейнерах. Устройство с неподвижной Дженовой перенесено в Мако Реактор близ Нибельхейма.

7 лет назад:

Клауд перебирается в Мидгар и вступает в ряды Шинра. Он также пытается поступить на военную службу в СОЛДАТы, но это ему не удается. Вместо этого его переводят в обычный военный отряд Шинры.

5 лет назад:

Клауда назначают в охрану Сефироса, они отправляются в Нибельхейм, чтобы исследовать Мако Реактор Нибеля, где, по слухам, появились кровожадные монстры. Сефироса сопровождает Зак, член отряда СОЛДАТ, первого класса, который несколько раз встречался с Айрис в прошлом.

Сефирос и Клауд нанимают Тифу в качестве проводника к реактору (Клауд не раскрывает себя, не снимая шлема). Сефирос находит монстров в реакторе и начинает сомневаться в своем происхождении (его смущает его неверотная сила). В Нибельхейме он находит секретную библиотеку, где обнаруживает всю правду о себе. Потрясенный этой информацией, он сходит с ума и сжигает Нибельхейм без остатка. Зак и Клауд следуют за ним к Реактору Нибель и видят, что он собирается присоединиться к своей космической матери, Дженове, в завоевании этого мира.

Тифа берет меч Сефироса – Масамунэ (который он так небрежно обронил) и пытается отомстить ему за смерть своего отца. Сефирос отнимает у нее меч и наносит ей удар, оставляя лежать ее на полу реактора. Он пробирается во внутреннюю камеру и достает голову Дженовы из ее статичного контейнера. Появляется Зак, пытаясь атаковать Сефироса, но тоже оказывается побежден и оставлен лежать, истекающий кровью. Клауд, бережно переносит Тифу в безопасное место, берет меч Зака и нападает на Сефироса. Сефиросу удается нанести своим мечом глубокую рану Клауду, но тому, в порыве чувств, каким-то образом удается схватить меч прямо за лезвие и швырнуть Сефироса в Лайфстрим, текущий под мостом.

Тело Сефироса плывет по всему Лайфстриму и, в итоге, замороженное, оказывается прибито к берегам пещеры Северного Каньона.

Тифу спасает ее инструктор по боевым искусствам, Занган. Ее родной город сгорел и она отправляется в Мидгар, где открывает бар «Седьмое Небо» в Секторе 7.

Зак и Клауд, еле живые (хотя у Зака сил все же больше, так как у него физически более развитое тело), пойманы Ходжо и увезены в подземную лабораторию особняка Шинры в качестве части его нового эксперимента – попытки создать клонов Сефироса (такие же опыты он ставил на большинстве жертв, вывезенных из руин Нибельхейма). Все предыдущие клоны были неудачны, превращаясь в итоге в бесчувственных и безжизненных кукол. Клауд не смог выдержать эти опыты из-за отсутствия силы воли. Ходжо записывает его в неудавшиеся клоны, но держит поблизости.

Когда приходит сторож, чтобы дать пищу Заку, он нападает на него, побеждая, затем спасает Клауда (который еле двигается) и вместе с ним залезает в грузовичок, направляющийся в Мидгар. После небольшого монолога, он решает, что они с Клаудом станут наемниками (эти слова отдаются эхом в голове последнего). Однако перед тем как они достигают Мидгара, их догоняют солдаты Шинра. Зак застрелен, но солдаты оставляют Клауда в живых, так как он – провалившийся эксперимент. Клауду удается подползти к телу Зака и взять его меч.

Сефирос обнаруживает, что он может управлять своими «клонами» при помощи мысли, хотя не может заставить их делать что-либо значимое из-за их состояния. Также, он обнаруживает, что может немного управлять Клаудом, но не более эффективно из-за его статуса «неудачного эксперимента».

Сознание Клауда, омытое страхом и болью, создает свою собственную версию случившегося, где Клауд занял место Зака во всех произошедших событиях, и стал членом отряда СОЛДАТ, первого класса. Ломаная психика искажает и другие воспоминания - Клауд неверно истолковывает свою дружбу с Тифой, думая будто они были лучшими друзьями (говоря психологическим языком - It "подсознание" Клауда заменяет собой его супер-эго). Каким-то образом ему удается добраться до железнодорожной станции Мидгара. Тифа находит его там и решает присмотреть за ним какое-то время.

Шинра отдает распоряжение заново отстроить Нибельхейм и заселить его исключительно работниками Шинры, чтобы наблюдать за клонами Сефироса в Нибельхейме. Им приказано отрицать любые сведения по поводу случившейся здесь катастрофы. Ходжо забирает Дженову из Нибельхейма и направляет в Штаб Шинры в Мидгаре, но без головы, которую забрал с собой Сефирос.

4 года назад:

Шинра собирается построить Мако Реактор в угледобывающем городе Корел. Это решение очень не нравится человеку по имени Дайн, но его лучший друг Баррет Уоллэс убеждает его с этим не связываться. Однако, в один прекрасный день, когда Баррет и Дайн были за городом, вернувшись, они увидели его в огне: дело рук Шинры. Людей Корела обвинили во взрыве, произошедшем в реакторе Шинры. Жена Баррета Мирна и жена Дайна Элеанор погибли в огне, но недавно родившаяся дочь Дайна, Марлин, смогла выжить. Оба друга попытались вернуться в город, но были остановлены Скарлет, лидером военного подразделения Шинры. По друзьям открывают огонь и Дайн теряет равновесие, падая, свешиваясь с края пропасти; Баррет хватает его руку, но обе руки оказываются прострелены солдатами Скарлет. Дайн падает вниз, но остается жив.

Наполненные яростью, оба – и Дайн, и Баррет – делают себе операцию, заменяя потерянные руки биомеханическими протезами. Однако психика Дайна оказывается серьезная повреждена из-за пережитого в Кореле.

Со временем на руинах Корела был построен огромный развлекательный комплекс Золотое Блюдце, а сам город в итоге стал Тюрьмой Корел, где содержались осужденные преступники. Выжившие после сожжения Корела переместились на север, где основали новый город под названием Северный Корел, но он так и оставался бедным городом из убогих палаток.

Дайн приходит в Тюрьму Корел и берет ее под свой контроль, становясь известен как Босс. Баррет, думающий, что Дайн мертв, уходит в Мидгар вместе с Марлин (которую удочеряет) и основывает группу повстанцев под названием ЛАВИНА, целью которой является остановить Шинру во что бы то ни стало.